Jak dotąd podstawowym sposobem ich leczenia było chirurgiczne wycięcie. Jest to zabieg radykalny, lecz pozostawiający rozległe blizny, co w przypadku tłuszczaków mnogich jest trudne do zaakceptowania. Obecnie skuteczną, a jednocześnie nie pozostawiającą widocznych śladów metodą ich usunięcia, jest odsysanie. Zabieg przeprowadza się w znieczuleniu miejscowym lub, w przypadku tłuszczaków mnogich, w znieczuleniu ogólnym. W jednym z biegunów tłuszczaka wykonuje się niewielkie nacięcie skóry długości ok. 3 mm, a następnie przy pomocy odpowiedniej sondy odsysa się zawartość guza, czyli tkankę tłuszczową. Leczenie farmakologiczne lub parafarmakologiczne bardzo często nie jest skuteczne. Charakter każdego guza powinien być oceniony przez lekarza.